Institut Imagine
Créé à l’initiative des chercheurs et médecins de l’Hôpital Necker – Enfants malades, l’Institut hospitalo-universitaire (IHU) sur les maladies génétiques Imagine développe des programmes scientifiques fondés sur une continuité entre recherche fondamentale, recherche clinique et soins innovants sur les maladies génétiques et les prédispositions génétiques aux maladies fréquentes, de l’enfance à l’âge adulte. Imagine a pour ambition d’accélérer la recherche en l’organisant au plus près du malade afin d’apporter les solutions diagnostiques et thérapeutiques attendues par les patients et leurs familles.
La plateforme génomique d’Imagine a été créée en 2008 avec pour mission d’offrir à la communauté scientifique des prestations de haut niveau dans le domaine du génotypage, du séquençage à haut débit et de l’expression génique. Le design expérimental, l’analyse et l’interprétation des résultats sont menés en collaboration avec les chercheurs de la plateforme bioinformatique coordonnée par Imagine et l’Université Paris Descartes.
La plateforme génomique recrute un ingénieur de recherche.
MISSION ET FONCTIONS
Le candidat est placé sous l’autorité hiérarchique du responsable technique de la plateforme. Il/elle sera en interaction avec les équipes de recherche de l’Institut et la plateforme de bioinformatique.
L’ingénieur de recherche participera au fonctionnement de la plateforme génomique. Il sera notamment appelé à mettre en place différents outils de génotypage et il participera à la mise en place du séquençage avec la technologie de ‘Long Read’ d’Oxford Nanopore et à la fabrication de banques de manière automatisée en système microfluidique.
ACTIVITES
Le candidat mettra en place de façon autonome différents outils de génotypage, notamment pour valider les variants à faible fréquence trouvés en NGS Short Read Illumina.
Avec les équipes de recherche de l’Institut Imagine et la plateforme de bioinformatique du site, il mettra en place de nouvelles technologies : séquençage ‘Long Read’ sur PromethION2 d’Oxford Nanopore Technologies et des protocoles de fabrication de banques de NGS en automate de microfluidique.
Dans ce cadre, il sera amené à faire :
- Recherche documentaire pour choisir les protocoles adaptés aux applications d’intérêt
- Evaluation de protocoles et optimisation
- Mise en place de protocoles standard et définition des contrôles qualités adaptés
- Réalisation du séquençage de nouvelle génération et contrôler son bon déroulement en interaction avec la plateforme de bioinformatique
- Suivi financier des tests et mises au point
- Suivi du fonctionnement des équipements
- Suivi des évolutions technologiques
FORMATION
- Doctorat
- Ecole Ingénieur
COMPETENCES
- Expérience souhaitée dans le domaine du génotypage et du séquençage de nouvelle génération
- Expérience de plateforme souhaitée
- Formation solide en biologie moléculaire
- Manipulation des ADN, ARN, réalisation de PCR, RT-PCR, Q-PCR, génotypage
- Maîtrise de l’anglais scientifique (écrit et parlé)
QUALITES
- Rigueur, organisation, autonomie, curiosité intellectuelle, bonnes capacités d’adaptation, esprit d’équipe, bonne capacité d’interaction avec les utilisateurs.
EXPERIENCE PROFESSIONNELLE
- Expérience de 3 ans minimum
CONTRAT
- Type de contrat : CDD
- Durée : Contrat à Durée Déterminée d’un an et demi, renouvelable
- Date de début : Dès que possible
- Salaire selon expérience
MODALITES DU RECRUTEMENT
Le dossier de candidature, comprenant une lettre de motivation et un curriculum vitae, est à adresser, sous la référence Imagine_270, est à adresser à christine.bole@inserm.fr