Mickaël Ménager

Plateforme Single Cell

Publié le 13.05.2020

Présentation

Lancée au 2e trimestre 2020, la plateforme single-cell utilise la microfluidie en gouttes pour isoler les cellules et les étudier individuellement.

La plateforme Single-Cell d’Imagine a ouvert au cours du deuxième trimestre 2020 et est située au deuxième étage de l'institut Imagine. 

Nous avons reçu un financement d'un PIA sésame, BPI région Ile de France appel en 2019 pour créer une plateforme spécialisé dans l’analyse de l'expression des gènes et de l'accessibilité de la chromatine à l’échelle de la cellule unique. Cette plateforme est ouverte aux laboratoires académiques et aux industriels et propose l'accès à des équipements, des expertises, des analyses informatiques ainsi que des formations dans le domaine de l’analyse à l’échelle de la cellule unique. 

Le séquençage de l'ARN et l'accessibilité de la chromatine, au niveau de la cellule unique, permettent d'analyser la différence d'expression des gènes à un niveau jamais atteint auparavant. Il permet de révéler des populations rares de cellules, d'extraire des signatures moléculaires, d'identifier certains processus de régulation inconnus, de suivre la trajectoire de lignées cellulaires distinctes en cours de développement ou d'étudier l'effet de l'environnement local, de stimulus ou de molécules thérapeutiques.

 La plate-forme Single Cell sera certifiée par 10X Genomics, l'un des leaders mondiaux dans la fourniture de produits et d'équipements pour cellules uniques.

 

Équipement

 

La plate-forme Single Cell sera équipée de :

 

- Chromium Controller dans l'installation L1, pour générer l'encapsulation et les bibliothèques de cellules uniques

- Chromium Controller dans l'installation L3, pour générer l'encapsulation d'une seule cellule et des bibliothèques à partir de cellules infectées par des agents pathogènes (VIH, Sars-Cov2 par exemple,...)

- Chromium Connect controller dans l'installation L1 pour réaliser des bibliothèques transcriptomiques à cellule unique de manière automatisée

- PCR BioRad Thermocycler.

Services/applications proposés

 

Nos services vont du conseil à la mise en place d'une expérience, à la génération de bibliothèques monocellulaires, au séquençage de bibliothèques et aux analyses informatiques.

 

A l'ouverture, la plateforme proposera l'ensemble des techniques et protocoles commercialisés par 10X Genomics, pour réaliser des analyses d'expression de gènes au niveau d'une seule cellule.

 

- 3' Single Cell Transcriptomic

- 5' Single Cell Transcriptomic + VDJ

- Code à barres, protocole CITE-seq

- Cellule unique ATAC-seq

- Transcriptomique spatiale

 

Single-Cell library generation and analyses

 

Génération et analyses de bibliothèques de cellules uniques

En utilisant la microfluidique, les cellules sont isolées individuellement dans des gouttelettes d'eau. L'ARN de chaque cellule est ensuite extrait, transcrit, codé par des codes-barres ADN, amplifié, séquencé et analysé. Les résultats sont présentés sous forme de "t-SNE" où chaque cellule est positionnée par rapport aux autres en fonction de ses gènes les plus exprimés.

Cellules du colon

La recherche : une aventure scientifique

Notre objectif : mieux comprendre les maladies génétiques pour mieux les soigner.

Chiifres clé

    1 cellule par goutelette

    10 000 librairies de cellules uniques par échantillon

    2000 gènes les plus exprimés analysés par cellule