La plateforme de génomique de l'Institut Imagine a été créé en 2008 pour fournir des services de génotypage, de séquençage et d'expression génétique à haut débit à la communauté de recherche du campus Necker. La conception des expériences ainsi que l'analyse et l'interprétation des résultats sont effectuées de manière interactive avec les chercheurs et le centre de bio-informatique (Fondation Imagine / Université Paris Cité).
Équipements et services disponibles
La plateforme génomique est équipée de :
- Deux séquenceurs de nouvelle génération à haut débit HiSeq2500, Illumina
- Un séquenceur de nouvelle génération Ion Torrent PGM (Personal Genome Machine), Life Technologies
- Une plateforme GeneChip micorarray, Affymetrix
Autres équipements :
- DNA shearing: Covaris S2, Covaris E220, Hydroshear, GeneMachines
- Electrophorèse capillaire : Bioanalyseur 2100 et Tape Station 2200 Agilent Technologies
- Mesure des acides nucléiques : Spectrophotomètre Nanodrop ND-1000 (Thermo Scientific), fluorimètre QuBit (Invitrogen), PCR StepOnePlus en temps réel (Life Technologies)
Services fournis
La plateforme fournit :
- Une aide à la conception expérimentale
- Le contrôle de la qualité des échantillons d'ADN et d'ARN
- L'amplification, le marquage et l'hybridation des acides nucléiques sur les puces Affymetrix
- La construction de librairie, l'amplification clonale et le séquençage NGS
- L'analyse des données primaires et leur transfert à la plateforme bioinformatique pour une analyse plus approfondie des données
Applications
- Re-séquençage ciblé : séquençage exome principalement et autres types de re-séquençage ciblé
- Profilage de l'expression génétique chez l'homme et la souris
- Analyse des liens, analyse de la variation du nombre de copies et études d'association
- Autres applications de séquençage NGS : ChIP-Seq (séquençage de la chromatine immunoprécipitée), séquençage d'amplicons et autres types d'applications