Christine Bole-Feysot

La plateforme de génomique de l'Institut Imagine a été créé en 2008 pour fournir des services de séquençage et d'expression génétique à haut débit à la communauté de recherche du campus Necker principalement. La conception des expériences est effectuée en collaboration avec les chercheurs et la plateforme de bio-informatique du site (Institut Imagine / Université Paris Cité) qui procède à l’analyse des données.

Équipements disponibles

La plateforme génomique est équipée de :

Séquenceurs à lectures longues:

• Un séquenceur Revio, PacBio (SMRT Cell avec chimie SPRQ, 90Gb data Hifi reads, N50 : 15-50kb, Q40+)
• Un séquenceur P2i, Oxford Nanopore Technologies 

Séquenceurs à lectures courtes:

• Un séquenceur NovaSeq6000, Illumina (production de 800 millions jusqu’à 10 milliards de séquences/clusters)
• Un séquenceur iSeq100, Illumina (production de ~3 millions de séquences/clusters)
• Accès à un MiSeq, Illumina (production de ~15 millions de séquences/clusters).

Autres équipements :

• Electrophorèse capillaire : Tape Station 4200 (Agilent Technologies), Fragment Analyzer (Agilent Technologies) et Femto Pulse (Agilent Technologies)
• Fragmentation d’ADN : Covaris R230
• Autres appareils pour le dosage des acides nucléiques ou le contrôle qualité des banques de NGS : Spectrophotomètre Xpose (Trinean), fluorimètre QuBit 4 (Invitrogen), PCR en temps réel StepOnePlus (Life Technologies)

Services fournis

La plateforme fournit :

• Une aide à la conception expérimentale
• Le contrôle de la qualité des échantillons d'ADN, d'ARN et des banques de séquençage de nouvelle génération
• La fabrication de certains types de banques de séquençage de nouvelle génération et leur séquençage
• Le contrôle qualité initial de certains types de banques de séquençage de nouvelle génération et leur séquençage
• Le contrôle qualité initial des données brutes de séquençage et le transfert automatique de ces données à la plateforme de bio-informatique du site.

Applications standards proposées (en collaboration avec la plateforme de bio-informatique pour l'analyse des données) :

• Séquençage de génome: whole-genome PacBio avec la technologie Revio à haute fidélité (Q40+) et grands fragments
• Re-séquençage ciblé: séquençage d’exome et autres types de re-séquençage ciblé fabriqués par capture par hybridation (ARN et ADN)
• mRNAseq: deux options pour ARN totaux non dégradés: low-input (200 ng-500 pg) et high-input (100 ng à 1000 ng d’ARN total)
• Séquençage à la demande: Single-Cell 10X, BD Rhapsody, Parse Technologies
• Autres applications de séquençage NGS: Séquençage de banques de ChIP-Seq (séquençage de la chromatine immunoprécipitée), ATAC-Seq, séquençage d’amplicons, autres types d'applications à la demande….
• Séquençage de plasmides et amplicons en long-reads