Christine Bole-Feysot

Plateforme de génomique

Publié le 19.11.2019

Présentation

Plateforme Génomique

 

La plateforme de génomique d'Imagine a été créé en 2008 pour fournir des services de génotypage, de séquençage et d'expression génétique à haut débit à la communauté de recherche du campus Necker. La conception des expériences ainsi que l'analyse et l'interprétation des résultats sont effectuées de manière interactive avec les chercheurs et le centre de bio-informatique (Fondation Imagine / Université de Paris).

Équipements et services disponibles

La plateforme génomique est équipée de :

  • Deux séquenceurs de nouvelle génération à haut débit HiSeq2500, Illumina
  • Un séquenceur de nouvelle génération Ion Torrent PGM (Personal Genome Machine), Life Technologies
  • Une plateforme GeneChip micorarray, Affymetrix

 

Autres équipements :

  • DNA shearing: Covaris S2, Covaris E220, Hydroshear, GeneMachines
  • Electrophorèse capillaire : Bioanalyseur 2100 et Tape Station 2200 Agilent Technologies
  • Mesure des acides nucléiques : Spectrophotomètre Nanodrop ND-1000 (Thermo Scientific), fluorimètre QuBit (Invitrogen), PCR StepOnePlus en temps réel (Life Technologies)

 

Services fournis

 

La plateforme fournit :

 

  • Une aide à la conception expérimentale
  • Le contrôle de la qualité des échantillons d'ADN et d'ARN
  • L'amplification, le marquage et l'hybridation des acides nucléiques sur les puces Affymetrix
  • La construction de librairie, l'amplification clonale et le séquençage NGS
  • L'analyse des données primaires et leur transfert à la plateforme bioinformatique pour une analyse plus approfondie des données

 

Applications

  • Re-séquençage ciblé : séquençage exome principalement et autres types de re-séquençage ciblé
  • Profilage de l'expression génétique chez l'homme et la souris
  • Analyse des liens, analyse de la variation du nombre de copies et études d'association
  • Autres applications de séquençage NGS : ChIP-Seq (séquençage de la chromatine immunoprécipitée), séquençage d'amplicons et autres types d'applications
Cellules du colon

La recherche : une aventure scientifique

Notre objectif : mieux comprendre les maladies génétiques pour mieux les soigner.

Chiifres clé

    10000 Exomes

    1600 RNA-Seq