Christine Bole-Feysot

La plateforme de génomique de l'Institut Imagine a été créé en 2008 pour fournir des services de génotypage, de séquençage et d'expression génétique à haut débit à la communauté de recherche du campus Necker. La conception des expériences ainsi que l'analyse et l'interprétation des résultats sont effectuées de manière interactive avec les chercheurs et le centre de bio-informatique (Fondation Imagine / Université Paris Cité).

Équipements et services disponibles

La plateforme génomique est équipée de :

• Deux séquenceurs de nouvelle génération à haut débit HiSeq2500, Illumina
• Un séquenceur de nouvelle génération Ion Torrent PGM (Personal Genome Machine), Life Technologies
• Une plateforme GeneChip micorarray, Affymetrix

Autres équipements :

• DNA shearing: Covaris S2, Covaris E220, Hydroshear, GeneMachines
• Electrophorèse capillaire : Bioanalyseur 2100 et Tape Station 2200 Agilent Technologies
• Mesure des acides nucléiques : Spectrophotomètre Nanodrop ND-1000 (Thermo Scientific), fluorimètre QuBit (Invitrogen), PCR StepOnePlus en temps réel (Life Technologies)

Services fournis

La plateforme fournit :

• Une aide à la conception expérimentale
• Le contrôle de la qualité des échantillons d'ADN et d'ARN
• L'amplification, le marquage et l'hybridation des acides nucléiques sur les puces Affymetrix
• La construction de librairie, l'amplification clonale et le séquençage NGS
• L'analyse des données primaires et leur transfert à la plateforme bioinformatique pour une analyse plus approfondie des données

Applications

• Re-séquençage ciblé : séquençage exome principalement et autres types de re-séquençage ciblé
• Profilage de l'expression génétique chez l'homme et la souris
• Analyse des liens, analyse de la variation du nombre de copies et études d'association
• Autres applications de séquençage NGS : ChIP-Seq (séquençage de la chromatine immunoprécipitée), séquençage d'amplicons et autres types d'applications